Pangkalan Utama TNI Angkatan Laut (Lantamal) XII merupakan pemekaran dari Pangkalan TNI Angkatan Laut (Lanal) Kelas B Pontianak yang sebelumnya bermarkas di Jalan Yos Sudarso No 1 Pontianak Kalimantan Barat. Ketika masih berstatus sebagai Pangkalan TNI Angkatan Laut (Lanal) Kelas B Pontianak, administratif dan pembinaan berada di bawah Lantamal VI Tanjung Pinang.

Seiring dengan perkembangan tuntutan kebutuhan akan perlunya peningkatan keamanan khususnya di wilayah perairan nasional dan untuk mendukung strategi pertahanan laut nasional, maka Pangkalan TNI Angkatan Laut (Lanal) Kelas B Pontianak dimekarkan menjadi Pangkalan Utama TNI Angkatan Laut (Lantamal) XII Pontianak. Hal ini bertujuan dalam rangka pengendalian laut di kawasan strategis bagian Pulau Kalimantan Barat dan untuk meningkatkan kemampuan Pangkalan TNI Angkatan Laut dalam mendukung satuan operasional di kawasan ini Kenaikan tipe Lanal Pontianak menjadi Lantamal XII Pontianak ini adalah bagian rencana strategis TNI AL untuk mendukung kapasitas gelar daripada unsur-unsur TNI AL, yang operasinya di wilayah Laut Jawa, Selat Karimata, Laut China Selatan, dan Laut Natuna, bagian pemberdayaan wilayah pertahanan di perairan bagian Barat. 

            Dasar dari pemekaran Pangkalan TNI Angkatan Laut (Lanal) Kelas B Pontianak menjadi Pangkalan Utama TNI Angkatan Laut (Lantamal) XII Pontianak adalah
1. Berdasarkan peraturan Panglima TNI Nomor 12 tahun 2015 tentang Pengesahan Validasi organisasi dan tugas Lantamal XII Pontianak
2. Berdasarkan Peraturan Kepala Staf Angkatan Laut Nomor 3 Tahun 2015  tanggal 30 Juli 2015 tentang Peningkatan Pangkalan TNI Angkatan Laut Kelas B Pontianak menjadi Pangkalan Utama TNI Angkatan Laut XII.